Bäst är ju självfallet om man slipper ha separata hårdkodade HTML sidor med samma text som i Flash sidan.
Om man gör det blir det iofs väldigt enkelt att bädda in samma swf fil på varje HTML sida med en FlashVar som talar om vilken sida swf filen skall gå till då den laddat klart, men inte så kul att underhålla.
Om man håller all text i XML/databas så har man ett script på servern som genererar HTML från texten med en meny som gör en request med en query parameter som bestämmer vilken sida som skall visas.
Helst med hjälp av mod_rewrite så det ser ut som separata sidor, men det är inte nödvändigt för att det skall indexeras ok.
Säg tex att google hittar din index.php och indexerar länken i menyn som går till index.php?page=minsida
Någon hittar "minsida" bland sökresultaten och klickar på länken.
Följande händer då:
swfObject kollar om användaren har Flash.
Om inte så includerar den ditt script för att generera HTML sidan i din flashcontent div vilket känner av vad du har för värde på din "page" parameter och genererar korrekt sida.
Om användaren har flash så skickar du vidare "page" parametern till flash genom att använda dig av swfObjects funktioner för "addVariable" och "getQueryParameter".
I swf filen så har du sedan t.ex. en enkel funktion för att gå till den frame som har samma namn som page variablen.
Ett annat alternativ är att ha separata HTML filer som då ersätter XML filer och faktist står för själva innehållet i Flash versionen.
Det finns några lösningar för det som tex ripple:
http://osflash.org/ripple
Jag har inte testat den varianten själv, men det förefaller som en bra ide.