Vi hade sama problem också och innan vi hittade vad det var så blev vi smått gråhåriga. Det visades sig att det var en av våra kunder som hade ooptimerade php skript som anropade mysql med tunga frågor. Dessutom så var php skriptet buggigt så det anropade sig själv om vissa vilkor var uppfyllda. Så vissa anrop loopade...
activera apache serverinfo modulen lokalt och kolla i
http://localhost/server-info efter vad som tar resurser. Jämför processid mot ps aux. Jag tror det var så vi kom fram till vilken fil som orsakade loopen och kunde stänga ner kunden.