En bra tabell över "features" för resp tabelltyp
http://dev.mysql.com/tech-resources/...ne/part_3.html
I korta drag: för "mest-läsning-applikationer" (många webapplikationer är just det - mest hämta data för att visa) är MyISAM snabbare och kräver mindre resurser av servern.
Dock: ska du använda transaktioner och/eller har många samtidiga skrivningar är InnoDB att föredra eftersom du dels har just transaktionsstöd, samt rowlevel locking vilket ger färre låsningar och därigenom bättre prestanda.