Joomla är inget ehandelssystem utan ett content management system (CMS). Det finns en komponent till Joomla som tillhandahåller ehandelsfunktionalitet.
Zen-Cart är en fork av osCommerce, dvs en viss version har tagits av osCommerce och skapat en annan "produkt" och de lever sina egna liv.
Sen är ju GPL en open source licens bland många andra.
Alla du nämner har väl sina fördelar och nackdelar som gör det svårt att ge ett entydigt svar vilken som är bäst/sämst. Du måste nog ställa dig frågan vilka krav har du och sen undersöka resp.alternativ och lista fördelar/nackdelar utifrån dina behov. Då vet du viken som är bäst (för dig).
Personligen tycker jag kombinationen Joomla!/Virtuemart är bäst för mina behov och ger mer än t.ex. osCommerce.
EDIT:
http://opensourcecms.com/