gör det enkelt för dig. skapa en mapp med alla filer, sätt in .htaccess i den mappen och blocka alla som försöker komma åt den via webservern
i databasen har du en id->sökväg->hit_count till filerna.
http://www.dinwebserver.se/phpscript...=get&id=fil_id
php går in o kollar id i databasen, läser in sökvägen (/path/to/file.exe/) och skickar den som content app (eller vad det nu heter) samtidigt som den UPDATE hit_count.
tada...