Ibland när jag ser att mysql går tungt skulle jag vilja kolla vilka queries som körs. Helst i realtid, lite liknande top-kommandot eller "tail -f". Finns det något sätt att göra detta på som ni känner till?

mytop har jag haft mycket nytta av. Får ioförsig bara ut snapshots av vilka queries som körs men du borde i vilket fall se vilka queries det är som är långsamma

mysql> show processlist;

funkar bra också om man kommer in på servern.

Hur ser databas strukturen ut, hur många databaser och hur många tables i varje databas?
Har du indexat bra också?

Du kan använda slow query log-funktionen för att logga queries som tar mer än en viss tid att utföra.

Edit: Ett lite mer allmänt tips är att dra igång MySQL Administrator och kolla all statistik. Med det programmet ser man mycket info lättöverskådligt och det finns även en del kommentarer som berättar vilka värden man borde ha.