Jag håller på med en hemsida som ligger på Loopia, men av någon anledning så fungerar inte plugin-editor.php och det går inte att uppgradera Wordpress....det låter som att det är något förinstallerat genom WP µ? Någon som varit med om något liknade tidigare?

Om du har valt enklicks-installationen så stämmer det bra det du skriver.
För att få full funktionalitet behöver du lägga bloggen på en egen databas hos Loopia.

Kunden installerade själv och jag har ominstallerat med färska filer. Kan valet av databas påverka funktionaliteten?

Om man installerar WP µ genom Loopia kan jag första varför det dyker upp eftersom det ligger inlagt i skript filerna, men här är det alltså en helt färsk och fin WP 2.8.4 sv som ligger och där är ingenting begränsat...

Kan det vara fel rättigheter på filerna eller safe mode?

Om det var något fel på pid/uid kanske, men i så fall styrs det av något på servern eftersom det bara påverkar dom två funktionerna. Safe mode ser det inte ut som att Loopia har och det skulle i såfall påverka mer än bara dom två funktionerna :)