Jag är på jakt efter ett FTP-Server program som man smidigt kan lägga till användare med behörighet osv. Man ska kunna lägga till använarna via en hemsida, så att använadrna sparas i en databas eller TXT fil smidigt.

OS?

Windows(x64)

Filezilla Server har någon slags remote administration men vet inte om det är exakt det du söker:
http://filezilla-project.org/

Den sparar alla användare i en XML fil. Men går jag in och lägger till en användare manuelt i filen så updaterar han inte det i programet.

nej, man måste få servern att uppdatera ändringarna vilket görs via automatik i mjukvaran (remote administrationen).

jo men jag vill ha en egen sida som ska skapa kontorna.

Använd cronjobs eller motsvarande för windows, annars blir det att leta annan ftp-server-programvara

RaidenFTPD kan spara användare i en databas. Kostar en slant men väldigt lite.

I zFTPServer kan i princip all administration göras via FTP-kommandon. Det finns även exempelskript i manualen för hur man lägger till användare med PHP.

http://www.zftpserver.com/features.php

Servern är gratis i grundutförande (inklusive detta skriptingstöd).

Varför inte använda IIS FTP istället?

Nedanstående script (iisftp.vbs) finns för nedladdning hos Microsoft om du inte redan har det.
Syntax är som nedan:

iisftp /create <FTP rot> <FTP namn> /i <lyssna på ip> (/i är valfritt)

Full dokumentation
Microsoft Technet - Managing FTP Sites Using Scripts