Jag med

~/www/www.domän.se
~/www/sub.domän.se

Samt

/var/www/www.domän.se
/var/www/sub.domän.se

/home/<användarnamn>/public_html/domän.se

Jag använder public_html, ser inget problem med det. Det är en offentlig/publik mapp som innehåller filer som används för att skapa html-dokument som skickas till besökaren.

Varför skulle det behövas en motsats-mapp? Har du en motsatsmapp till users, applications och home också?

Jag tycker aquastorms katalogstruktur verkar bra och genomtänkt.