Vad du är ute efter är en Profiler.. Med en profiler kan du se vilka funktioner / vilken rad som äter tid. Det är dock avancerade verktyg och du bör vara mycket kunnig i både flinux, php och apache för att få till det.

Men i ditt fall är det säkert en SQL-fråga som spökar. Vad du kan göra är att ersätta alla dina mysql_query mot en egen global funktion där du loggar alla frågor + response time.

Det är en onödig liten missuppfattning att det inte går att debugga PHP likt andra programmeringsspråk. Kolla in http://xdebug.org/. Går att integrera i Eclipse/PDT. Funkar finfint. Om du vill betala så har Zend Framework integrerade produkter för ca 300€ om jag inte minns priset helt galet. (Dock är Zend IDE lite långsammare än PDT trots att de bygger på samma bas av Eclipse).

Varför jag inte tror det är en sql fråga är för att det inte görs så mycket frågor i koden. Är mest phpkod för bildbehandling vilket jag tror käkar upp minne.
Ska kolla lite på xdebug som du säger, tack!

Käkar minne kan jag lova att det gör. Skrev ett galleri med php-gd och testade på min Sun ultra 10 med bara 512mb ram. Gick slöare än win xp på en 286:a.

Varför sa du inte det på en gång :P
Grundtipset består dock - optimera bara det du vet behöver optimeras. Jobba inte i blindo!

Då var det inte Mysql som var problemet denna gång.
För den som ändå vill optimera mysql rekommenderas följande script:
Mysql Tuning Primer

Minne kan väl aldrig skada :)
Det kan faktiskt lösa ett annat problem med att min smtp server inte tar emot vissa mail och är allmänt seg, hoppas det!

Att bara stoppa in mer minne är som att ta en värktablett när du har tandvärk. Det hjälper för stunden, men du adresserar inte det egentliga problemet vilket riskerar att bli ohanterbart i framtiden.

Om det nu handlar om problem vid GET/POST så kan det handla om enormt ogenomtänkta regexp:ar som loopar på något sätt. Med dåligt skrivna regexp:ar kan du utan vidare få php att time-out:a vid medelstora textmängder. Men antagligen och mer sannolikt är att det är sql-frågor som är dåligt genomtänkta (loopar) eller inte är indexerade.

Gör du bildbehandling varje gång sidan laddas? Bildbehandlingen bör bara göras en gång och sedan cachas. Förslagsvis gör du behandlingen redan när bilden laddas upp.