mysqldump. Och om du vill ta backup på alla databaser/scheman:

for i in `echo "SHOW DATABASES" |/usr/bin/mysql -s -u root -pLÖSENORD`; do
/usr/bin/mysqldump -f -u root -pLÖSENORD $i >$i.sql
if [ $? -ne 0 ] ; then
echo ERROR: Fail when dumping $i
fi
done

Fin affärside för webbhotell, att erbjuda en direktuppkoppling mot kundens db för backup.