Personligen så använder jag mig av includes för konfigurationsfiler samt innehållsfiler.
Brukar jobba efter principen att ha en index-fil som sedan laddar in valda filer beroende på var användaren klickar någonstans, och för innehåll utanför dessa inkluderade filer så använder jag funktioner som retunerar data.
Det gör att man får en relativt snygg och välstrukturerad index-fil som också är väldigt lättskött.