Du har med hur mycket kod som helst som jag inte skulle haft med så jag har svårt för att hitta problem & lösning bara genom att ögna igenom filerna tyvärr.

Men som sagt så är det garanterat ett padding/margin-problem och borde lösa sig om du dels laddar in en reset och dels kollar så att vänsterspalten och högerspalten och dessas bredd+paddings inte överstiger 1000px tillsammans.

Verkar inte vara det som är problemet, har testat ladda in reset och trixat me padding&margin, funkar inte ..

Dina marginaler och storlekar stämmer inte helt, vanligt symptom i IE.
Öka width på din wrapper från 995:

#wrapper {
width: 1000px;
}

det räckte för att få din sajt att funka i min IE.

Skulle någon vänlig & kunnlig där ute kunna tänka sig ordna problemet åt mig? Jag skickar en zip-fil med filerna, så pillar du i css:n lite gratis. Hade varit guld värt.