Den största grejen du kan göra är att lägga in redirects permanenta redirects för alla URLer som Google fått med som kommer bytas samt alla som det länkas till. Det smidigast är kanske att läsa ut dessa till ett .htaccess format så behöver du inte spara på onödiga databaser på driftservern.

Sen kan du räkna med ett rejält dropp för dina undersidor och möjligtvis en liten förhöjning av din framsida. Normalt sett kan det ta ett par månader att få tillbaka en normal/förbättrad google-trafik, i min erfarenhet.