Vi kör på .NET och Sql, tänk bara på att för att få ut max av din ebutik i .Net så måste man nästan ha egen server då vissa funktioner kommer att kräva full Trust.
Jag kan rekommendera Nopcommerce, men du behöver nog lägga en hel del timmar för att få den lite mer kund och administrations vänlig, då den inte är riktig logisk från start. Vi har kört en kraftigt modifierad variant i ett år nu och det funkar bra.